总体部署主要包括继续加固、兴建防洪水库，实施水土保持工程；加固淮河流域干支流堤防，扩大和整治淮河干流泄洪通道，抓紧行蓄（滞）洪区安全建设和调整，修建洪水控制工程；巩固和扩大下游排洪能力；治理淮北跨省骨干河道和流域重要支流；续建沂沭泗河洪水东调南下工程；加强平原和湖泊洼地及里下河地区除涝建设；加强非工程防洪措施，完善工程措施和非工程措施相结合的淮河流域综合防洪除涝体系。

　　治理目标为淮河干流上游达到10年一遇、中游主要保护区达到100年一遇、下游达到100年一遇以上的防洪标准；沂沭泗河中下游地区总体达到50年一遇的防洪标准；淮北跨省骨干河道和流域重要支流及平原、湖泊洼地防洪标准达到10～20年一遇，排涝标准达到3～5年一遇；里下河地区排涝标准达到5～10年一遇；保护蚌埠、淮南等重要城市的堤防和海堤达到50～100年一遇防洪（潮）标准。

　　淮河流域2001~2010年防洪建设的主要内容包括：进行堤防建设和河道整治，临淮岗洪水控制工程和重要水库建设，行蓄（滞）洪区建设，城市防洪建设，海堤建设，防治水土流失改善生态环境及非工程措施建设，同时兼顾水资源保护和开发、生态系统和水陆交通的要求等。淮河干流继续扩大正阳关以下行洪通道，整治和疏浚凤台段和蚌埠以下河道，清除阻水障碍；加固淮北大堤，加高加固濛洼、城西湖蓄洪区等堤防。加快入海水道建设；进一步采取措施，巩固入江水道、分淮入沂和洪泽湖大堤等工程设计泄洪或防洪能力。沂沭泗河洪水东调南下工程，应在一期工程基本完成的基础上，抓紧实施二期工程，其中刘家道口枢纽等一、二期衔接工程应即进行建设。治理奎濉河、汾泉河、洪汝河、涡河、沙颍河等淮北跨省骨干河道。加快流域重要支流及湖泊洼地、里下河地区防洪排涝设施的建设，以改变1991年型暴雨造成淮河大面积涝灾的状况。抓紧建设临淮岗洪水控制工程。尽早开工建设燕山水库和白莲崖水库工程。加快出山店水库的前期工作，争取尽早立项建设。对现有病险水库进行除险加固。加强行蓄（滞）洪区安全建设，对原规划的行蓄（滞）洪区的安全建设措施进行适当的修改补充。抓紧研究和调整淮河干流部分行蓄洪区。抓紧蚌埠和淮南两座全国首批重点防洪城市防洪工程建设，并加快扬州、漯河、信阳、阜阳、徐州、临沂等城市防洪建设。重点对保护城市和重点地区的Ⅱ级海堤采取措施加固除险。防治水土流失，改善生态环境。重视和加强非工程措施建设。